در پی اعتراضات مردم عراق علیه فقر، فساد و نابسامانی در حکومت، دولت در برابر مردم به خشونت متوسل شد. به‌رغم اعلام حکومت نظامی، مردم معترض در بغداد و شهرهای جنوبی عراق به خیابان آمدند. آنها خواستار استعفای عادل عبدالمهدی، نخست وزیر عراق هستند. این اعتراضات با توجه به نبود رهبری و سازماندهی، بزرگترین تضاهرات از زمان روی کار آمدن نخست وزیر فعلی است. بر اساس گزارش‌ها تاکنون بیش از ۴۶ نفر کشته و ده‌ها نفر نیز مجروح شدند. سازمان ملل و دیده بان حقوق بشر نیز از اعمال خشونت گسترده علیه معترضان ابراز نگرانی کردند و خواهان پایان رفتارهای این چنین نیروهای امنیتی عراق با مردم شدند.

در ادامه و با اعمال خشونت گسترده توسط حکومت، آیت‌الله سیستانی در پیامی خشونت‌ها علیه مردم را محکوم کرد. او با ابراز همدردی با مردمی که از فقدان شغل، خدمات عمومی و فساد خشمگین هستند، گفته است که دولت در برآورده کردن درخواست‌های مردم در ایجاد اصلاحات شکست خورده است. مرجعیت شیعه در عراق که طی سال‌های اخیر بارها سابقه حمایت از مردم در برابر حکومت را داشته، این بار نیز با محکوم کردن رفتار حکومت و در حمایت از مردم معترض، پیشنهاد تشکیل کمیته‌ای از افراد متخصص و خارج از گروه‌های دولتی را که دارای اعتبار و لیاقت باشند را مطرح کرد وی در انتقاد از دادگستری، این نهاد را به اهمال در برخورد با فساد در حکومت متهم کرد و عین حال خواستار اصلاحات واقعی در حکومت شد. او در بخشی از سخنانش به دولت توصیه کرده، پیش از آنکه خیلی دیر شود دست به اصلاحات بزند. همچنین احمد الصافی، نماینده آیت‌الله سید علی سیستانی، در خطبه‌های نماز جمعه گفت: دولت باید از سهمیه‌بندی و حزب‌گرایی و طایفه‌گرایی در تعیین پست‌ها دوری کند و کسانی را که به اختلاس می‌پردازند و اموال عمومی را به باد می‌دهند مجازات کند. طبق قانون اساسی عراق، نخست وزیر از میان شیعیان انتخاب می‌شود و کابینه نیز بر اساس مذهب و قومیت دارای سهمیه بندی است. 

طی این مدت گزارش‌های ضد و نقیضی نیز از اعتراض مردم عراق به دخالت‌های جمهوری اسلامی نیز به گوش می‌رسد. بر اساس برخی گزارش‌ها شعارهایی علیه حکومت ایران نیز در اعتراضات سر داده شده است. معترضان که از نفوذ و دخالت‌های حکومت ایران در ساختار سیاسی عراق به شدت ناراحت هستند، بخشی از نابسامانی‌های اخیر را نتیجه سرسپردگی رهبران سیاسی عراق به حکومت ایران می‌دانند. در پی این اعتراضات، حامیان جمهوری اسلامی، این شعارها و اعتراضات را به عربستان سعودی منتسب کردند. ادعایی که به نظر با واقعیت خیلی همسو نیست. با توجه به اینکه جنوب عراق که اصلی‌ترین پایگاه شیعیان است نیز از فقر و بیکاری شدید رنج می‌برد، بیشترین اعتراضات پس از پایتخت در شهرهای نجف، حله و چند شهر شیعه نشین دیگر نیز رخ داده است. هواداران حضور ایران در عراق، طی چند روز اخیر اعتراضات را ناشی از تلاش‌های عربستان سعودی به منظور جلوگیری از راهپیمایی اربعین می‌دانستند. این راهپیمایی طی سال‌های اخیر با تبلیغات وسیع و هزینه زیاد توسط حکومت ایران برگزار می‌شود. برگزاری این راهپیمایی مدت زمان طولانی نیست که به صورت سنت درآمده است. بسیاری این راهپیمایی را رقابت ایران برای ابراز وجود در برابر حج، که مسئول برگزاری آن عربستان سعودی است، تلقی می‌کنند. بنابراین با توجه به ناآرامی‌ها و شرایط نامساعد امنیتی، احتمال بر هم خوردن یا کاهش حضور در این راهپیمایی وجود دارد. 

موضوعی که طی چند روز اخیر و پس از انتشار بیانیه آیت‌الله سیستانی جلب توجه کرد، نفوذ و احترام اجتماعی او در میان مردم عراق است. آیت‌الله سیستانی که با مشی سنتی از دخالت در سیاست پرهیز می‌کند، طی چندین سال اخیر و پس از سقوط صدام، همیشه از موضع گیری‌های سیاسی اجتاب می‌کرد. او حتی در ملاقات با رهبران سیاسی سایر کشورهای جهان نیز محتاط بود. به نحوی که بارها از پذیرفتن برخی سران سیاسی ایران نیز خودداری کرد. در مواردی هم که حاضر به ملاقات شد، ورود دوربین برای ثبت ملاقات را قبول نکرده است. همین موضوع وی را در میان شیعیان معتقد به مرجعیت ساکن ایران نیز مورد توجه قرار داده است. او طی سال‌های اخیر و تنها در هنگام خطرات بزرگ، بدون نیاز به پروپاگاندای حکومتی و صرف پول فراوان، با یک بیانیه بسیجی عمومی را شکل داده است. نمونه این موضوعات را می‌توان در مبارزه علیه داعش نیز مشاهده کرد.

حاکمیت روحانیون شیعی پس از ۴ دهه، باعث نارضایتی عمیق مردم ایران شده است. در این میان و طی ۴ دهه اخیر، تعداد مراجعی که حاضر به مخالفت با رفتارها و عملکرد حکومت شیعی شده‌اند بسیار اندک است. شاید بتوان مهم‌ترین این مخالفت‌ها را حمایت آیت‌الله صانعی از مردم در اعتراضات سال ۸۸ و همچنین موضع‌گیری آیت‌الله منتظری در مورد عدم صلاحیت فقهی آیت‌الله خامنه‌ای دانست. مابقی مراجع به علت وابستکی‌های اقتصادی و سیاسی به حاکمیت، عموما سکوت اختیار کرده‌اند. بدعت جدیدی که طی ۴ دهه اخیر شکل گرفته، تعیین مرجعیت توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم است. موضوعی که طی قرن‌ها مستقل بوده و به نهادهای حکومتی وابستگی نداشته است. 

پس از انقلاب سال ۵۷ و قدرت گرفتن روحانیون معتقد به دخالت در امور سیاسی، روز به روز فاصله مرجعیت از مردم معتقد نیز بیشتر شد. انتشار لیست اموال مراجع تقلید مورد حمایت حکومت و نزدیکان آن‌ها، مردم را نسبت به آن‌ها بدبین کرده است. همچنین لیستی که عباس پالیزدار از دارایی‌های روحانیون وابسته به حکومت منتشر کرد، واکنش‌های بسیاری را برانگیخت. فساد اقتصادی که در بیوت آیت‌الله مکارم شیرازی و آیت‌الله خزعلی که در آن زمان عضو شورای مدرسین حوزه علمیه بود، به شدت مرد توجه قرار گرفت. ساخت مراگز آموزشی لوکس و انتشار تصاویر آن‌ها، هر روز بین مردم فقیر و مرجعیت ثروتمند فاصله بیشتری ایجاد کرده است. مرجعیت شیعه که طی قرون متمادی وابسته به وجوهات شرعی مردمی بوده، با اتکا به بودجه‌های پرداختی توسط نهادهای تحت فرمان رهبری، عملا به بله قربان گو تبدیل شده‌اند. تا پیش از انقلاب روحانیون وابسته به نهاد حکومت را درباری می‌نامیدند. موضوعی که امروز با شکل و فرمی دیگر مجددا تکرار می‌شود.

برخلاف مراجع داخل ایران، آیت‌الله سیستانی حاضر به پذیرش کمک‌های دولتی نشده است. بر اساس اخبار منتشر شده، او بارها پیشنهادات مالی حکومت عراق و ایران را رد کرده است. عکس‌های منتشر شده از خانه و محل مطالعه او، تداعی کننده همان مرجعیتی است که شیعیان معتقد آن را تصور می‌کردند. شاید یکی از دلایلی که امروز حرف او در میان عموم شیعیان معتقد به مرجعیت، چه در عراق و چه در سایر مناطق شیعه نشین نفوذ دارد، زندگی ساده و به دور از تلاطمات سیاسی است. 

۴ دهه اخیر نمونه مناسبی برای قیاس بین مراجع درباری و مراجع مستقل بوده است.